Il documento più antico relativa alla chiesa di San Francesco è un Breve (documento papale minore rispetto a una Bolla) del 1255, dove Alessandro 4° concedeva indulgenze ai fedeli che avessero elargito elemosine a favore della nuova fabbrica; trovare i fondi si rivelò più complicato del previsto e la consacrazione del complesso avvenne solo nel 1336.
All’interno della chiesa erano presenti da 18 o 19 altari, a seconda delle fonti, dei quali ben 16 gestiti dalle famiglie fanesi più importanti che con elargizioni avevano guadagnato il beneficio ecclesiastico della sepoltura privata sotto l’altare.
